Wenn Ordner und Files Struckturen so weit runter gehen das der Windows Explorer sagt er kann die Files nicht löschen kann man sich mit Robocopy helfen.
Hier ein Beispiel

mkdir C:\robo_empty_folder
robocopy.exe C:\robo_empty_folder "D:\blabla\blubb\" /purge
rmdir C:\robo_empty_folder